Inaugurado a 25 de Abril de 2015, o museu está instalado no edifício onde durante vários anos funcionou a Cadeia do Aljube. Encerrado como estabelecimento prisional em 1965, o edifício guarda negras memórias dos presos políticos opositores ao Estado Novo que aqui foram encarcerados pela PIDE, a polícia política. Simbolicamente, este anterior lugar de medo e repressão renasce em homenagem à resistência e liberdade, na celebração dos 41 anos do 25 de Abril.
A exposição inaugural foi compilada com base em arquivos como da Câmara Municipal de Lisboa, da Fundação Mário Soares e do Arquivo Histórico Militar, entre outros, bem como nos achados das escavações arqueológicas realizadas no local.
