Desde 1993 que a Alfândega Nova tem sido alvo de sucessivas remodelações e aperfeiçoamentos, tendo em vista a sua remodelação para o Museu dos Transportes e Comunicações. Atualmente, o Museu serve de espaço para diversas exposições permanentes relacionadas com a temática da evolução dos Transportes e Comunicações, entre as quais se destaca a secção dedicada ao automóvel - a sua história e evolução, a sua relação com a sociedade, o seu papel nos hábitos das pessoas e as consequências socioeconómicas da sua utilização maciça.
O edifício da Alfândega Nova é também um importante centro de congressos e eventos.
