Localizado no Palácio de São Pedro, uma das mais significativas obras da arquitetura civil portuguesa, de meados do séc. XVIII, o Museu de História Natural do Funchal foi inaugurado em 1933. Aqui funcionam, além do Museu de História Natural do Funchal, a Biblioteca Científica e o Aquário Municipal. O Jardim de Plantas Aromáticas e Medicinais também faz parte integrante do conjunto. O Museu dispõe de uma extensa coleção de animais montados e outros espécimes biológicos e geológicos distribuídos ao longo de 6 salas, num total superior a 40.000 exemplares. Tendo por princípio o conhecimento da fauna, flora e geologia do arquipélago madeirense, o museu exibe apenas espécies capturadas no arquipélago. Realiza regularmente ainda ações de educação ambiental.
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