O Museu de História Natural da Faculdade de Ciências do Porto foi criado em 1996, teve desde então uma parte significativa das suas instalações no Edifício Histórico da Universidade do Porto, onde se encontra atualmente instalada a Reitoria. Originalmente, integrava os acervos museológicos provenientes dos anteriores departamentos de Botânica, Geologia e Zoologia e Antropologia da Faculdade de Ciências da Universidade do Porto (FCUP), compreendendo:
. Núcleo de Mineralogia Montenegro de Andrade
Cerca de setecentas amostras de minerais, compreendendo uma colecção geral, sistemática, exemplos de associações de minerais, alguns minerais fluorescentes à luz ultravioleta e ainda pedras preciosas e ornamentais.
. Núcleo de Antropologia e Pré-História Mendes Corrêa
Acervo representativo do percurso da evolução humana, incluindo peças das indústrias líticas, bem como do culto funerário, dos diferentes períodos da História, resultantes de achados nacionais e estrangeiros.
.Núcleo de Paleontologia Wenceslau de Lima
Colecções básicas de Estratigrafia e Paleontologia Portuguesas, bem como fósseis de outras procedências.
. Núcleo de Zoologia Augusto Nobre
As colecções mais importantes conservadas neste espaço são representativas da diversidade de moluscos, insectos e aves de Portugal; além destas, inclui um importante acervo de aves e mamíferos de África e da América do Sul.
. Herbário da Universidade do Porto
Uma impressionante coleção de botânica contendo dezenas de milhares de espécimes, representativas de todos os grupos tradicionais de plantas do Planeta (algas, fungos, líquenes, briófitos, plantas vasculares, etc.), sendo o resultado da atividade de botânicos e professores da Academia Politécnica e da FCUP ao longo de mais de 150 anos.
Em dezembro de 2015, o Antigo Museu de Ciência da Universidade do Porto fundiu-se com o Antigo Museu de História Natural da Universidade do Porto, dando origem ao Museu de História Natural e da Ciência da Universidade do Porto (MHNC-UP), que assume como missão fundamental promover a difusão do conhecimento sobre a evolução, diversidade e a convergência entre o mundo natural e cultural.
Neste momento, com exceção do Jardim Botânico do Porto e da Galeria da Biodiversidade - Centro Ciência Viva, as instalações do MHNC-UP encontram-se encerradas ao público, no contexto do profundo processo de requalificação de espaços, reabilitação de coleções e redefinição de discurso museográfico em curso na U.Porto.
