Situado no Convento de Jesus (século XV), este museu foi criado em 1911 pelo erudito e crítico de arte F.A. Marques Gomes. Aqui o visitante poderá observar vários exemplares de arqueologia; escultura (Túmulo de Santa Joana Princesa) e pintura, referente ao período entre o século XV e século XVIII, onde se pode mencionar o retrato da Infanta Santa Joana atribuído à escola de Nuno Gonçalves.
Para além disso encontra-se aqui uma vasta colecção de arte sacra barroca, pertencente aos conventos e mosteiros religiosos antes da extinção das ordens religiosas no século XIX na qual se podem destacar a talha dourada, a paramentaria e a ourivesaria.
