A ideia para a criação deste museu remonta a 1943, data de um importante achado arqueológico do Porto do Concelho. Em 1986 abre finalmente ao público um museu dirigido por Maria Amélia Horta Pereira com coleções de arqueologia, etnografia e a arte.
Em 2000 tem início um novo ciclo de vida em virtude da descoberta de gravuras rupestres no vale do rio Ocreza. Decorrente. O tema central do museu passou a ser a arte rupestre e as temáticas do simbólico e do sagrado ao longo do tempo, articuladas com a ideia de risco e paisagem: a arte que é um risco na paisagem, que por sua vez está em risco.
Entre agosto de 2003 e março de 2005 todo o edifício foi reestruturado e foi inaugurada a exposição Um risco na Paisagem - Artefactos, lugares e modos de vida nas origens do agro-pastoralismo. Em 2013, o museu iniciou uma nova etapa, com o projeto Gesto, Risco e Paisagem.
