É um museu universitário que se apresenta como lugar de investigação especializada em torno da teoria e da prática artística e lugar de difusão do saber e de comunicação com o mundo exterior à comunidade universitária. O acervo do Museu da FBAUP integra essencialmente, no seu núcleo internacional, desenhos de mestres europeus e gravuras adquiridas com o objectivo de apresentarem modelos qualificados para a formação dos jovens; no que respeita a obras de arte de autores portugueses acolhe sobretudo uma selecção de trabalhos elaborados durante o período de aprendizagem e formação dos artistas, e provas de concurso de docentes com vista ao avanço na carreira.
