Juntamente com a biblioteca da Universidade de Coimbra, é o maior exemplo deste tipo de arquitectura e possui um espólio valiosíssimo. Tem mais de 36 mil obras espalhadas pelas estantes, feitas de madeira exótica vinda do Brasil, que contempla todos os ramos do saber e que se estendem ao longo de 83 metros de comprimento. Impressiona a dimensão destas salas iluminadas pela luz natural que entra a jorros pelas enormes janelas, da autoria de Manuel Caetano de Sousa em estilo "rocaille". A biblioteca tem planta em cruz, dispondo na parte mais a sul os livros religiosos. No centro encontramos os livros relativamente aos quais a inquisição levantava algumas reservas, da filosofia à anatomia, sem esquecer entre os quais se encontra o "Auto da Barca do Inferno" de Gil Vicente. Na parte a norte, perto da entrada, estão os livros de arquitectura, direito, medicina e música. Há manuscritos religiosos ainda em pergaminho e uma primeira edição dos Lusíadas, impressa em 1572. Os livros são conservados com a inesperada ajuda de morcegos que vivem na biblioteca e que se alimentam de insectos nocivos.
Dia(s) de Encerramento: Sábados, Domingos