A Faculdade de Medicina da Universidade de Lisboa, fundada em 1911, possui um valioso património histórico-cultural, constituído por peças de cariz técnico-científico e outras, disperso por várias unidades estruturais. Considerando a importância de preservar e dinamizar todo este património a direcção da Faculdade decidiu reorganizar, em Setembro de 2003, o seu Núcleo Museológico, tendo convidado Manuel Valente Alves para dirigir e coordenar os trabalhos conducentes à sua concretização, o primeiro passo para a criação do Museu de Medicina. Em Fevereiro de 2005, a direcção da Faculdade homologa a transformação do Núcleo Museológico em Museu de Medicina, sendo-lhe atribuído espaço próprio provisório no edifício principal da Faculdade.