Fundado em 1996, o Museu de Ciência situava-se no centro da cidade, no emblemático edifício da Universidade do Porto onde se encontra instalada a Reitoria. O espólio do Museu é constituído por equipamento científico e didático antigo que remonta aos tempos da Academia Real da Marinha e Comércio, Academia Politécnica e Laboratórios de Física, Química, e Mineralogia/Geologia da Faculdade de Ciências da Universidade do Porto (FCUP), bem como por algumas dezenas de módulos interativos, adquiridos ou construídos por pessoal técnico da FCUP, que foram experimentados em exposições temporárias. Em dezembro de 2015, o Antigo Museu de Ciência da Universidade do Porto fundiu-se com o Antigo Museu de História Natural da Universidade do Porto, dando origem ao Museu de História Natural e da Ciência da Universidade do Porto (MHNC-UP), que tem como missão fundamental promover a difusão do conhecimento sobre a evolução, diversidade e a convergência entre o mundo natural e cultural. Neste momento, com exceção do Jardim Botânico do Porto e da Galeria da Biodiversidade - Centro Ciência Viva, as instalações do MHNC-UP encontram-se encerradas ao público, no contexto do profundo processo de requalificação de espaços, reabilitação de coleções e redefinição de discurso museográfico em curso na U.Porto.
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