Esta igreja insere-se no convento franciscano que foi ocupado pelas freiras da Regra de Santa Clara. O Convento tem como orago Nossa Senhora da Conceição dos Milagres, tendo sido fundado em 1577 por D. Miguel de Moura e pela sua esposa D. Brites da Costa. Porém a igreja só foi construída no final do século XVI, tornando-se sede de paróquia em 1863.
