Adquiridas pela Câmara Municipal do Seixal, as embarcações tradicionais foram recuperadas e adaptadas a barcos de recreio, mantendo as técnicas tradicionais de navegação. A sua utilização em passeios no Tejo visa contribuir para o melhor conhecimento de um vasto património fluvial e marítimo, de grande importância para o desenvolvimento das zonas ribeirinhas. São três as embarcações disponíveis: o varino Amoroso, que antigamente era usado para o transporte de cargas; o bote-de-fragata Gaivota, empregue no transporte de areia e pedra; e o bote-de-fragata Baía do Seixal, o qual efectuava transporte de cortiça e era conhecido entre a população como Sissi.
Observações: Entre abril e outubro de cada ano, aproximadamente, segundo as condições atmosféricas, as embarcações tradicionais do Ecomuseu são utilizáveis pelo público, efetuando passeios no Tejo.