Esta igreja quinhentista faz parte do Convento da Madre de Deus, que foi fundado pelo rainha D. Leonor e que nos dias de hoje alberga o Museu Nacional do Azulejo. Conserva o portal manuelino de acesso lateral ao templo com os brasões de D. João II e de D. Leonor (o Pelicano e a Rede), sendo o corpo da igreja do século XVIII. O interior, de uma nave, é revestido de lambris de azulejos barrocos azuis e brancos, descrevendo a vida de São Francisco e Stª Clara, encimados de pinturas, emolduradas por talha setecentista. (Monumento Nacional)
