Alberga uma exposição permanente, intitulada "Vila Franca de Xira - Formas de Devoção", organizada em cinco núcleos: Registos de Devoção; Capela do Mártir São Sebastião; Santo António, o Taumaturgo Franciscano; Arqueologia e Multimédia; Colecção Antoniana do Dr. Vidal Baptista. Os registos de devoção são objectos de culto impregnados de memórias, testemunhos de agradecimentos a Deus e confissões pessoais, e vão desde alfaias, pintura, escultura, gravuras a ex-votos, registos e medalhas.
A colecção reunida pelo Dr. Vidal Baptista foi doada ao Museu Municipal de Vila Franca de Xira em 1971 e integra cerca de 1100 objectos, dos quais apenas alguns se encontram expostos. A colecção é composta pelas mais variadas peças antonianas, desde as mais eruditas às mais populares.
No museu existe ainda um programa de carácter educativo, vocacionado para as escolas, que engloba visitas guiadas à exposição, actividades de animação com fantoches, oficinas de expressão plástica e um percurso de exploração do núcleo histórico de Vila Franca de Xira.
