A história deste local começa no início do século XVI quando o rei D. Manuel mandou aqui construir uma ermida para guarda a relíquia de São Roque, para que este santo protegesse Lisboa da peste negra.
No entanto, na origem do local que hoje podemos ver vai estar a chegada da Companhia de Jesus que em 1555 começa a construir aqui a sua Casa Professa segundo o espírito derivado da Contra-Reforma Católica. Decorativamente, ela vai ver campanhas de obras entre o final do século XVI e o XIX, em parte graças ao financiamento de congregações e irmandades que se estabeleceram nas suas capelas laterais. Estas obras vão trazer à igreja diferentes formas de arte desde talha dourada, azulejaria, mosaicos florentinos, pintura, escultura, relicários, entre outras, havendo especial destaque para o tecto pintado do final do século XVI, para conjunto de azulejos da Capela de São Roque, considerado a obra-prima da azulejaria mundial do final do séc. XVI, para o ciclo pictórico da Vida de São Francisco Xavier do início do séc. XVII presente na sacristia, mas acima de tudo para a Capela de São João Baptista. Esta capela, obra-prima da história da arte europeia, foi encomendada a Roma em 1742 pelo rei D. João V, onde foi projectada pelo arquitecto papal Luigi Vanvitelli, montada, consagrada pelo papa Bento XIV, desmontada e trazida para a Igreja de São Roque onde foi assente. Inteiramente feita a materiais nobres como bronze dourado, alabastro e mármore de Carrara, ou mesmo pedras preciosas como ametista e lápis-lazúli, a capela impressiona não só pela riqueza dos seus materiais como também pela elevadíssima qualidade do trabalho artístico, onde se destacam os painéis de mosaicos, feitos com uma tal perfeição que iludem o espectador a pensar que se tratam de pinturas.
Em 1905 é criado adjacente à igreja o então Museu do Tesouro da Capela de São João Baptista, precisamente com o propósito de mostrar ao público a importante colecção de ourivesaria e paramentaria barroca que veio de Roma com a capela, considerada pelos especialistas como sendo de qualidade ímpar a nível mundial. Hoje, este museu é o Museu de São Roque, completamente reestruturado entre 2006 e 2008, onde poderá conhecer esta riquíssima colecção, o antigo espólio de arte sacra pertencente à Companhia de Jesus, compreendendo pintura, escultura, objectos litúrgicos, arte oriental, e uma das mais importantes colecções de relicários da Europa, assim como o espólio da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa, hoje proprietária do museu.
Se pretender também relaxar, poderá desfrutar calmamente de um lanche ou de uma bebida a seu gosto na cafetaria do museu, instalada no claustro seiscentista.
