Do convento, fundado em 1459 pelos pais de D. Manuel, os únicos componentes que remontam à traça original são o claustro, a igreja e a sala do capítulo. São exemplares de arquitectura religiosa gótica manuelina, revelando influências mouriscas, patentes nos azulejos e nos arcos em ferradura das janelas.
O convento é, na sua maioria, de construção oitocentista, dentro do espírito revivalista do romantismo e, actualmente, encontra-se nele instalado o Museu Regional de Beja. Na fachada da igreja do antigo Convento Franciscano de Santa Clara sobressai o portal gótico e, no interior, a talha dourada e o revestimento de azulejos.
Este convento também ficou conhecido por uma das suas antigas religiosas, Mariana Alcoforado, que no século XVII, escreveu as famosas "Lettres Portugaises" ao cavaleiro francês Marquês de Chamilly, por quem estava perdidamente apaixonada. Ainda é possível ver a Janela de Mértola. através da qual esta religiosa via o seu amado.
