Construída no século XVI, esta igreja maneirista é considerada o protótipo das igrejas jesuíticas nacionais e foi erguida sobre a antiga Ermida de São Roque, de que restam vestígios. O interior é decorado com talha dourada, pinturas, azulejos, mármores, sendo de destacar o tecto que está pintado em "trompe l`oeil". É uma das igrejas portuguesas mais ricamente decoradas, a par de São Francisco (Porto) e Santo António (Lagos). Notável, no interior, a Capela de São João Baptista, encomendada em Itália por D. João V. Anexo funciona o Museu de São Roque, alvo de recente e bem conseguida remodelação.
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